王震告訴財新記者，原先北京友誼醫院等5家醫院率先試點“醫藥分開”時，曾形成價格洼地，很多患者沖著取消藥品加成之后的低藥價來試點醫院看病，彌補了藥品加成取消后的部分醫院收入，全面推開后醫院不再能“走量”，需通過其他途徑維持收支平衡。
與前期5家醫院試點相比，新發布的北京《方案》 不僅強調全面推進醫藥分開，還提出調整醫療服務價格，并健全公立醫療機構費用、關鍵績效指標監測體系，推進以按病種付費為主，按人頭付費、按服務單元付費、按疾病診斷相關組付費等為補充的復合型付費方式改革，這將從激勵機制和監督機制兩方面入手，引導醫療機構控制成本和醫療費用。
但據知情人士透露，醫療服務價格調多少，怎么調，這在《方案》出臺前，曾在北京醫管局和醫院之間存在分歧。該知情人士表示，醫療服務項目有幾千項，由行政部門決定作哪些調整恐與實際情況脫節，但又不能完全交給醫院自己決定，因為醫院肯定會以自身利益最大化為標準。
而自新醫改推進以來，公立醫療機構的財政補貼問題一直被視為改革最難點，此次北京改革能否有所突破有待觀察。目前，全國絕大部分醫療機構是公立醫療機構，一方面政府強調公立醫療機構的公益性，醫療服務價格等無法完全參照市場標準，另一方面政府沒有財力，給予醫療機構足夠補貼，彌補公立醫療機構收入，許多學者認為，這二者之間的矛盾不解決，醫改效果將很有限。
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